Aquí puedes encontrar la guía del SII con mayor detalle del por qué y cuándo entra a regir.
Para aceptar una factura debes entrar en Registro de Aceptación y reclamo de un DTE.

Luego ingresas el RUT de la empresa que emitió la factura, el folio y el tipo de documento. Te aparecerá lo siguiente:

En rojo está marcado el lugar donde se acepta o rechaza la factura.